（１）機器の選定。医薬品機器の選定には、経験による選定（実際の計算なし、または不十分なデータ計算）、盲目的な進歩の追求、物理データの不十分な調査など、機器の実用性と経済性に深刻な影響を与えるいくつかの問題があります。

（２）設備の設置と訓練。医薬品設備の設置過程では、工事の進捗状況にばかり注目が集まり、工事の品質がおろそかになりがちで、結果として後々の設備維持費の増加につながる。また、設備の保守・操作担当者に対する訓練が不十分な場合も、医薬品設備の管理・保守にリスクが生じる。

（３）情報化の管理と維持への投資不足。今日では、多くの企業が設備管理と維持、設備保守記録の管理、基本パラメータの記録を非常に重視しているものの、継続的な保守データの提供が困難、仕様書や図面などの効果的な医薬品設備仕様情報が不足しているといった問題が依然として存在し、これが設備管理、保守、再構築の難しさを目に見えない形で増大させている。

（４）管理システム。効果的な管理システムと方法が欠如しているため、医薬品設備保守担当者の管理が不十分であり、保守担当者の作業が標準化されておらず、医薬品設備の管理と保守プロセスに安全上の潜在的な危険が残されている。